Read the Docs build information Build id: 105839 Project: tiledb-inc-tiledb Version: latest Commit: f63148139a117219c216adb67adc2e97732d4000 Date: 2018-05-02T20:40:30.378945Z State: finished Success: False [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:40:31.162646Z, end-time: 2018-05-03T01:40:31.169782Z, duration: 0, exit-code: 0 git remote set-url origin https://github.com/TileDB-Inc/TileDB.git [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:40:31.234627Z, end-time: 2018-05-03T01:40:32.429910Z, duration: 1, exit-code: 0 git fetch --tags --prune From https://github.com/TileDB-Inc/TileDB x [deleted] (none) -> origin/ttd/sparse-read-perf-1 2b8a127..f631481 dev -> origin/dev * [new branch] rg/cppapi-header-only -> origin/rg/cppapi-header-only * [new branch] ttd/sparse-read-perf-2 -> origin/ttd/sparse-read-perf-2 [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:40:32.505373Z, end-time: 2018-05-03T01:40:32.563521Z, duration: 0, exit-code: 0 git checkout --force origin/dev Previous HEAD position was 2b8a127... 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Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: setuptools in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: docutils>=0.11 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: imagesize in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: babel!=2.0,>=1.3 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: packaging in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from 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/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: pytz>=0a in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from babel!=2.0,>=1.3->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: pyparsing>=2.0.2 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from packaging->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: MarkupSafe>=0.23 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from Jinja2>=2.3->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: chardet<3.1.0,>=3.0.2 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests>=2.0.0->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: idna<2.7,>=2.5 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests>=2.0.0->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: urllib3<1.23,>=1.21.1 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests>=2.0.0->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Requirement already satisfied: certifi>=2017.4.17 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests>=2.0.0->Sphinx>=1.0->sphinxcontrib-contentui) Building wheels for collected packages: sphinxcontrib-contentui Running setup.py bdist_wheel for sphinxcontrib-contentui: started Running setup.py bdist_wheel for sphinxcontrib-contentui: finished with status 'done' Stored in directory: /home/docs/.cache/pip/wheels/20/a7/b3/36a777368b30509a9e8921bca72d72333ca83b07d0bad843b0 Successfully built sphinxcontrib-contentui Installing collected packages: sphinxcontrib-contentui Successfully installed sphinxcontrib-contentui-0.2.2 sphinx-1.7.4-p 91% |############################ | Time: 0:00:00 3.86 MB/s sphinx-1.7.4-p 92% |############################ | Time: 0:00:00 3.90 MB/s sphinx-1.7.4-p 93% |############################ | Time: 0:00:00 3.94 MB/s sphinx-1.7.4-p 94% |############################# | Time: 0:00:00 3.98 MB/s sphinx-1.7.4-p 95% |############################# | Time: 0:00:00 4.02 MB/s sphinx-1.7.4-p 96% |############################# | Time: 0:00:00 4.06 MB/s sphinx-1.7.4-p 97% |############################## | Time: 0:00:00 4.10 MB/s sphinx-1.7.4-p 98% |############################## | Time: 0:00:00 4.13 MB/s sphinx-1.7.4-p 99% |############################## | Time: 0:00:00 4.17 MB/s sphinx-1.7.4-p 100% |###############################| Time: 0:00:00 4.20 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conda install --yes --name latest mock pillow sphinx sphinx_rtd_theme Fetching package metadata ............. Solving package specifications: . Package plan for installation in environment /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest: The following NEW packages will be INSTALLED: freetype: 2.8.1-0 conda-forge jpeg: 9b-2 conda-forge libpng: 1.6.34-0 conda-forge libtiff: 4.0.9-0 conda-forge mock: 2.0.0-py36_0 conda-forge olefile: 0.45.1-py36_0 conda-forge pbr: 4.0.2-py_0 conda-forge pillow: 5.1.0-py36_0 conda-forge sphinx_rtd_theme: 0.3.0-py36_0 conda-forge jpeg-9b-2.tar. 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s jpeg-9b-2.tar. 1% | | ETA: 0:00:05 210.87 kB/s jpeg-9b-2.tar. 2% | | ETA: 0:00:05 210.26 kB/s jpeg-9b-2.tar. 4% |# | ETA: 0:00:04 209.97 kB/s jpeg-9b-2.tar. 5% |# | ETA: 0:00:03 279.57 kB/s jpeg-9b-2.tar. 7% |## | ETA: 0:00:03 262.36 kB/s jpeg-9b-2.tar. 8% |## | ETA: 0:00:03 314.47 kB/s jpeg-9b-2.tar. 10% |### | ETA: 0:00:03 293.74 kB/s jpeg-9b-2.tar. 11% |### | ETA: 0:00:02 335.37 kB/s jpeg-9b-2.tar. 13% |#### | ETA: 0:00:02 377.04 kB/s jpeg-9b-2.tar. 14% |#### | ETA: 0:00:02 349.62 kB/s 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pillow-5.1.0-p 67% |##################### | Time: 0:00:00 732.54 kB/s pillow-5.1.0-p 69% |##################### | Time: 0:00:00 722.72 kB/s pillow-5.1.0-p 71% |###################### | Time: 0:00:00 739.20 kB/s pillow-5.1.0-p 72% |###################### | Time: 0:00:00 755.72 kB/s pillow-5.1.0-p 74% |####################### | Time: 0:00:00 772.22 kB/s pillow-5.1.0-p 75% |####################### | Time: 0:00:00 788.80 kB/s pillow-5.1.0-p 77% |######################## | Time: 0:00:00 805.37 kB/s pillow-5.1.0-p 79% |######################## | Time: 0:00:01 793.15 kB/s pillow-5.1.0-p 80% |######################### | Time: 0:00:01 805.81 kB/s pillow-5.1.0-p 82% |######################### | Time: 0:00:01 821.63 kB/s pillow-5.1.0-p 84% |########################## | Time: 0:00:01 837.47 kB/s pillow-5.1.0-p 85% |########################## | Time: 0:00:01 853.37 kB/s pillow-5.1.0-p 87% |########################### | Time: 0:00:01 840.31 kB/s pillow-5.1.0-p 88% |########################### | Time: 0:00:01 855.52 kB/s pillow-5.1.0-p 90% |############################ | Time: 0:00:01 870.80 kB/s pillow-5.1.0-p 92% |############################ | Time: 0:00:01 886.08 kB/s pillow-5.1.0-p 93% |############################# | Time: 0:00:01 901.25 kB/s pillow-5.1.0-p 95% |############################# | Time: 0:00:01 916.56 kB/s pillow-5.1.0-p 97% |############################## | Time: 0:00:01 931.88 kB/s pillow-5.1.0-p 98% |############################## | Time: 0:00:01 916.66 kB/s pillow-5.1.0-p 100% |###############################| Time: 0:00:01 929.19 kB/s pillow-5.1.0-p 100% |###############################| Time: 0:00:01 929.04 kB/s pbr-4.0.2-py_0 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s pbr-4.0.2-py_0 24% |####### | Time: 0:00:00 37.76 MB/s pbr-4.0.2-py_0 49% |############### | Time: 0:00:00 45.33 MB/s pbr-4.0.2-py_0 74% |####################### | Time: 0:00:00 49.11 MB/s pbr-4.0.2-py_0 99% |############################## | Time: 0:00:00 49.65 MB/s pbr-4.0.2-py_0 100% |###############################| Time: 0:00:00 43.49 MB/s pbr-4.0.2-py_0 100% |###############################| Time: 0:00:00 38.29 MB/s mock-2.0.0-py3 0% | | ETA: --:--:-- 0.00 B/s mock-2.0.0-py3 15% |#### | Time: 0:00:00 38.82 MB/s mock-2.0.0-py3 31% |######### | Time: 0:00:00 43.34 MB/s mock-2.0.0-py3 46% |############## | Time: 0:00:00 48.62 MB/s mock-2.0.0-py3 62% |################### | Time: 0:00:00 51.36 MB/s mock-2.0.0-py3 77% |######################## | Time: 0:00:00 53.75 MB/s mock-2.0.0-py3 93% |############################ | Time: 0:00:00 54.65 MB/s mock-2.0.0-py3 100% |###############################| Time: 0:00:00 52.51 MB/s mock-2.0.0-py3 100% |###############################| Time: 0:00:00 48.63 MB/s [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:42:22.284263Z, end-time: 2018-05-03T01:42:24.573364Z, duration: 2, exit-code: 0 python /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/bin/pip install -U --cache-dir /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/.cache/pip recommonmark readthedocs-sphinx-ext Collecting recommonmark Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/df/a5/8ee4b84af7f997dfdba71254a88008cfc19c49df98983c9a4919e798f8ce/recommonmark-0.4.0-py2.py3-none-any.whl Collecting readthedocs-sphinx-ext Requirement already up-to-date: docutils>=0.11 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from recommonmark) Collecting commonmark<=0.5.4 (from recommonmark) Collecting nilsimsa>=0.3.7 (from readthedocs-sphinx-ext) Requirement already up-to-date: requests in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from readthedocs-sphinx-ext) Requirement already up-to-date: chardet<3.1.0,>=3.0.2 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests->readthedocs-sphinx-ext) Requirement already up-to-date: idna<2.7,>=2.5 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests->readthedocs-sphinx-ext) Requirement already up-to-date: urllib3<1.23,>=1.21.1 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests->readthedocs-sphinx-ext) Requirement already up-to-date: certifi>=2017.4.17 in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages (from requests->readthedocs-sphinx-ext) Installing collected packages: commonmark, recommonmark, nilsimsa, readthedocs-sphinx-ext Successfully installed commonmark-0.5.4 nilsimsa-0.3.8 readthedocs-sphinx-ext-0.5.10 recommonmark-0.4.0 You are using pip version 9.0.3, however version 10.0.1 is available. You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command. [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:42:25.308566Z, end-time: 2018-05-03T01:42:25.386299Z, duration: 0, exit-code: 0 cat doc/source/conf.py #!/usr/bin/env python3 # -*- coding: utf-8 -*- # # TileDB documentation build configuration file, created by # sphinx-quickstart on Mon Feb 5 10:08:37 2018. # # -- Imports configuration ------------------------------------------------- import os import subprocess import sys from os.path import abspath, join, dirname sys.path.insert(0, abspath(join(dirname(__file__)))) # -- ReadTheDocs configuration --------------------------------------------- # Special handling on ReadTheDocs builds. # Some of this code is from https://github.com/robotpy/robotpy-docs/blob/master/conf.py readthedocs = os.environ.get('READTHEDOCS', None) == 'True' rtd_version = os.environ.get('READTHEDOCS_VERSION', 'latest') rtd_version = rtd_version if rtd_version in ['stable', 'latest'] else 'stable' # On RTD, build the Doxygen XML files. if readthedocs: # Build docs subprocess.check_call(''' mkdir ../../build; cd ../../build; ../bootstrap; make doc; ''', shell=True) # -- General configuration ------------------------------------------------ # If your documentation needs a minimal Sphinx version, state it here. # # needs_sphinx = '1.0' # Add any Sphinx extension module names here, as strings. They can be # extensions coming with Sphinx (named 'sphinx.ext.*') or your custom # ones. extensions = [ 'sphinx.ext.autodoc', 'sphinx.ext.intersphinx', 'sphinxcontrib.contentui', 'breathe' ] if readthedocs: # Mapping for linking between RTD subprojects. intersphinx_mapping = { 'tiledb': ('https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/en/%s/' % rtd_version, None), 'tiledb-py': ('https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/%s/' % rtd_version, None) } # Add any paths that contain templates here, relative to this directory. templates_path = ['_templates'] # The suffix(es) of source filenames. source_suffix = '.rst' # The master toctree document. master_doc = 'index' # General information about the project. project = 'TileDB' copyright = '2018 TileDB, Inc' author = 'TileDB, Inc.' # The short X.Y version. version = '1.2' # The full version, including alpha/beta/rc tags. release = '1.2.0' # Breathe extension configuration. tiledb_dir = '../../' doxygen_xml_dir = tiledb_dir + 'build/xml/' breathe_projects = {'TileDB-C': doxygen_xml_dir, 'TileDB-C++': doxygen_xml_dir} breathe_default_project = 'TileDB-C' breathe_projects_source = { 'TileDB-C': (tiledb_dir + 'tiledb/sm/c_api/', ['tiledb.h']), 'TileDB-C++': (tiledb_dir + 'tiledb/sm/cpp_api/', ['tiledb']) } breathe_domain_by_file_pattern = { '*/c_api/tiledb.h': 'c', '*/cpp_api/tiledb': 'cpp' } # The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation # for a list of supported languages. # # This is also used if you do content translation via gettext catalogs. # Usually you set "language" from the command line for these cases. language = None # List of patterns, relative to source directory, that match files and # directories to ignore when looking for source files. # This patterns also effect to html_static_path and html_extra_path exclude_patterns = [] # The name of the Pygments (syntax highlighting) style to use. pygments_style = 'friendly' # If true, `todo` and `todoList` produce output, else they produce nothing. todo_include_todos = False # -- Options for HTML output ---------------------------------------------- html_static_path = ['_static'] html_logo = '_static/tileDB_uppercase_600_112.png' html_favicon = '_static/favicon.ico' if readthedocs: html_theme = 'default' else: import sphinx_rtd_theme html_theme = 'sphinx_rtd_theme' html_theme_path = [sphinx_rtd_theme.get_html_theme_path()] # -- Options for HTMLHelp output ------------------------------------------ # Output file base name for HTML help builder. htmlhelp_basename = 'TileDBdoc' # -- Options for LaTeX output --------------------------------------------- latex_elements = { # The paper size ('letterpaper' or 'a4paper'). # # 'papersize': 'letterpaper', # The font size ('10pt', '11pt' or '12pt'). # # 'pointsize': '10pt', # Additional stuff for the LaTeX preamble. # # 'preamble': '', # Latex figure (float) alignment # # 'figure_align': 'htbp', } # Grouping the document tree into LaTeX files. List of tuples # (source start file, target name, title, # author, documentclass [howto, manual, or own class]). latex_documents = [ (master_doc, 'TileDB.tex', 'TileDB Documentation', 'TileDB, Inc.', 'manual'), ] # -- Options for manual page output --------------------------------------- # One entry per manual page. List of tuples # (source start file, name, description, authors, manual section). man_pages = [ (master_doc, 'tiledb', 'TileDB Documentation', [author], 1) ] # -- Options for Texinfo output ------------------------------------------- # Grouping the document tree into Texinfo files. List of tuples # (source start file, target name, title, author, # dir menu entry, description, category) texinfo_documents = [ (master_doc, 'TileDB', 'TileDB Documentation', author, 'TileDB', 'One line description of project.', 'Miscellaneous'), ] # -- Custom Document processing ---------------------------------------------- # Generate the sidebar automatically so that it is identical across all subprojects. # This (and gensidebar.py) from https://github.com/robotpy/robotpy-docs import gensidebar gensidebar.generate_sidebar({'on_rtd': readthedocs, 'rtd_version': rtd_version}, 'tiledb') # -- Custom setup ----------------------------------------------------------- def setup(app): app.add_stylesheet('custom.css') ########################################################################### # auto-created readthedocs.org specific configuration # ########################################################################### # # The following code was added during an automated build on readthedocs.org # It is auto created and injected for every build. The result is based on the # conf.py.tmpl file found in the readthedocs.org codebase: # https://github.com/rtfd/readthedocs.org/blob/master/readthedocs/doc_builder/templates/doc_builder/conf.py.tmpl # import sys import os.path from six import string_types from sphinx import version_info # Get suffix for proper linking to GitHub # This is deprecated in Sphinx 1.3+, # as each page can have its own suffix if globals().get('source_suffix', False): if isinstance(source_suffix, string_types): SUFFIX = source_suffix else: SUFFIX = source_suffix[0] else: SUFFIX = '.rst' # Add RTD Static Path. Add to the end because it overwrites previous files. if not 'html_static_path' in globals(): html_static_path = [] if os.path.exists('_static'): html_static_path.append('_static') html_static_path.append('/home/docs/checkouts/readthedocs.org/readthedocs/templates/sphinx/_static') # Add RTD Theme only if they aren't overriding it already using_rtd_theme = False if 'html_theme' in globals(): if html_theme in ['default']: # Allow people to bail with a hack of having an html_style if not 'html_style' in globals(): import sphinx_rtd_theme html_theme = 'sphinx_rtd_theme' html_style = None html_theme_options = {} if 'html_theme_path' in globals(): html_theme_path.append(sphinx_rtd_theme.get_html_theme_path()) else: html_theme_path = [sphinx_rtd_theme.get_html_theme_path()] using_rtd_theme = True else: import sphinx_rtd_theme html_theme = 'sphinx_rtd_theme' html_style = None html_theme_options = {} if 'html_theme_path' in globals(): html_theme_path.append(sphinx_rtd_theme.get_html_theme_path()) else: html_theme_path = [sphinx_rtd_theme.get_html_theme_path()] using_rtd_theme = True if globals().get('websupport2_base_url', False): websupport2_base_url = 'https://readthedocs.com/websupport' if 'http' not in settings.MEDIA_URL: websupport2_static_url = 'https://media.readthedocs.com/' else: websupport2_static_url = 'https://media.readthedocs.com/media//static' #Add project information to the template context. context = { 'using_theme': using_rtd_theme, 'html_theme': html_theme, 'current_version': "latest", 'version_slug': "latest", 'MEDIA_URL': "https://media.readthedocs.com/media/", 'PRODUCTION_DOMAIN': "readthedocs.com", 'versions': [ ("latest", "/en/latest/"), ("stable", "/en/stable/"), ], 'downloads': [ ("pdf", "//readthedocs.com/projects/tiledb-inc-tiledb/downloads/pdf/latest/"), ("htmlzip", "//readthedocs.com/projects/tiledb-inc-tiledb/downloads/htmlzip/latest/"), ("epub", "//readthedocs.com/projects/tiledb-inc-tiledb/downloads/epub/latest/"), ], 'subprojects': [ ("tiledb-inc-tiledb-py", "https://docs.tiledb.io/projects/tiledb-py/en/stable/"), ], 'slug': 'tiledb-inc-tiledb', 'name': u'TileDB', 'rtd_language': u'en', 'programming_language': u'words', 'canonical_url': 'https://docs.tiledb.io/en/stable/', 'analytics_code': '', 'single_version': False, 'conf_py_path': '/doc/source/', 'api_host': 'https://readthedocs.com', 'github_user': 'TileDB-Inc', 'github_repo': 'TileDB', 'github_version': 'dev', 'display_github': True, 'bitbucket_user': 'None', 'bitbucket_repo': 'None', 'bitbucket_version': 'dev', 'display_bitbucket': False, 'gitlab_user': 'None', 'gitlab_repo': 'None', 'gitlab_version': 'dev', 'display_gitlab': False, 'READTHEDOCS': True, 'using_theme': (html_theme == "default"), 'new_theme': (html_theme == "sphinx_rtd_theme"), 'source_suffix': SUFFIX, 'user_analytics_code': '', 'global_analytics_code': 'UA-17997319-2', 'commit': 'f6314813', } if 'html_context' in globals(): html_context.update(context) else: html_context = context # Add custom RTD extension if 'extensions' in globals(): extensions.append("readthedocs_ext.readthedocs") else: extensions = ["readthedocs_ext.readthedocs"] [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:42:25.461222Z, end-time: 2018-05-03T01:42:42.353331Z, duration: 16, exit-code: 0 python /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/bin/sphinx-build -T -E -b readthedocs -d _build/doctrees-readthedocs -D language=en . _build/html Running Sphinx v1.7.4 -- The C compiler identification is GNU 5.4.0 -- The CXX compiler identification is GNU 5.4.0 -- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc -- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc -- works -- Detecting C compiler ABI info -- Detecting C compiler ABI info - done -- Detecting C compile features -- Detecting C compile features - done -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/g++ -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/g++ -- works -- Detecting CXX compiler ABI info -- Detecting CXX compiler ABI info - done -- Detecting CXX compile features -- Detecting CXX compile features - done -- Starting TileDB superbuild. -- Found Blosc: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/libblosc.so -- Found Bzip2: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/libbz2.so -- searching for catch in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build/externals/src -- Could NOT find Catch (missing: CATCH_INCLUDE_DIR) -- Adding Catch as an external project -- Found LZ4: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/liblz4.so -- Could NOT find Spdlog (missing: SPDLOG_INCLUDE_DIR) -- Adding Spdlog as an external project -- Found Zlib: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so -- Found Zstd: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/libzstd.so -- Not found clang-tidy -- Not found clang-format -- Found Doxygen: /usr/bin/doxygen (found version "1.8.11") found components: doxygen dot -- Install prefix is /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/dist -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build bootstrap success. Run "make" to build, "make check" to test, or "make -C tiledb install" to install. Scanning dependencies of target doc [ 50%] Preparing for Doxygen documentation [100%] Generating API documentation with Doxygen [100%] Built target doc loading translations [en]... done making output directory... loading intersphinx inventory from https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/en/latest/objects.inv... loading intersphinx inventory from https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv... WARNING: failed to reach any of the inventories with the following issues: WARNING: intersphinx inventory 'https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv' not fetchable due to : ('intersphinx inventory %r not fetchable due to %s: %s', 'https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv', , HTTPError(...)) building [mo]: targets for 0 po files that are out of date building [readthedocs]: targets for 30 source files that are out of date updating environment: 30 added, 0 changed, 0 removed reading sources... [ 3%] c++-api reading sources... [ 6%] c-api reading sources... [ 10%] index reading sources... [ 13%] installation reading sources... [ 16%] introduction reading sources... [ 20%] s3 reading sources... [ 23%] tiledb101/asynchronous-io reading sources... [ 26%] tiledb101/basic-concepts reading sources... [ 30%] tiledb101/compression reading sources... [ 33%] tiledb101/concurrency reading sources... 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[ 96%] tiledb101/writing/writing-sparse-data reading sources... [100%] usage /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/doc/source/c++-api.rst:78: WARNING: Duplicate declaration. /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/doc/source/c++-api.rst:113: WARNING: doxygenclass: Cannot find class "tiledb::Version" in doxygen xml output for project "TileDB-C++" from directory: ../../build/xml/ /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/doc/source/c-api.rst:270: WARNING: doxygenfunction: Cannot find function "tiledb_query_get_attribute_status" in doxygen xml output for project "TileDB-C++" from directory: ../../build/xml/ looking for now-outdated files... none found pickling environment... done checking consistency... done preparing documents... done writing output... [ 3%] c++-api writing output... [ 6%] c-api writing output... [ 10%] index writing output... 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WARNING: html_static_path entry '/home/docs/checkouts/readthedocs.org/readthedocs/templates/sphinx/_static' does not exist done copying readthedocs static files... done copying searchtools... done copying extra files... done dumping search index in English (code: en) ... done dumping object inventory... done build succeeded, 6 warnings. The HTML pages are in _build/html. Copying contentui stylesheet/javascript... done [rtd-command-info] start-time: 2018-05-03T01:42:42.504329Z, end-time: 2018-05-03T01:42:44.810468Z, duration: 2, exit-code: 2 python /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/bin/sphinx-build -T -b json -d _build/doctrees-json -D language=en . _build/json Running Sphinx v1.7.4 mkdir: cannot create directory ‘../../build’: File exists -- Starting TileDB superbuild. -- searching for catch in /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build/externals/src -- Could NOT find Catch (missing: CATCH_INCLUDE_DIR) -- Adding Catch as an external project -- Could NOT find Spdlog (missing: SPDLOG_INCLUDE_DIR) -- Adding Spdlog as an external project -- Found Zlib: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so -- Not found clang-tidy -- Not found clang-format -- Install prefix is /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/dist -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build bootstrap success. Run "make" to build, "make check" to test, or "make -C tiledb install" to install. [ 50%] Generating API documentation with Doxygen [100%] Built target doc loading translations [en]... done making output directory... loading pickled environment... done loading intersphinx inventory from https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv... WARNING: failed to reach any of the inventories with the following issues: WARNING: intersphinx inventory 'https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv' not fetchable due to : ('intersphinx inventory %r not fetchable due to %s: %s', 'https://tiledb-inc-tiledb.readthedocs-hosted.com/projects/python-api/en/latest/objects.inv', , HTTPError(...)) building [mo]: targets for 0 po files that are out of date building [json]: targets for 30 source files that are out of date updating environment: Traceback (most recent call last): File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/breathe/directives.py", line 694, in get_mtime return self.getmtime(filename) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/genericpath.py", line 55, in getmtime return os.stat(filename).st_mtime FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/doc/source/../../build/xml/classtiledb_1_1Version.xml' During handling of the above exception, another exception occurred: Traceback (most recent call last): File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/cmdline.py", line 304, in main app.build(args.force_all, filenames) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/application.py", line 331, in build self.builder.build_update() File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 338, in build_update 'out of date' % len(to_build)) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/builders/__init__.py", line 351, in build updated_docnames = set(self.env.update(self.config, self.srcdir, self.doctreedir)) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/environment/__init__.py", line 533, in update for docs in self.app.emit('env-get-outdated', self, added, changed, removed): File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/application.py", line 444, in emit return self.events.emit(event, self, *args) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/sphinx/events.py", line 79, in emit results.append(callback(*args)) File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/breathe/directives.py", line 738, in get_outdated if self.mtimer.get_mtime(filename) > old_mtime: File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/breathe/directives.py", line 696, in get_mtime raise MTimerError('Cannot find file: %s' % os.path.realpath(filename)) breathe.directives.MTimerError: Cannot find file: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build/xml/classtiledb_1_1Version.xml Exception occurred: File "/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/conda/latest/lib/python3.6/site-packages/breathe/directives.py", line 696, in get_mtime raise MTimerError('Cannot find file: %s' % os.path.realpath(filename)) breathe.directives.MTimerError: Cannot find file: /home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/tiledb-inc-tiledb/checkouts/latest/build/xml/classtiledb_1_1Version.xml The full traceback has been saved in /tmp/sphinx-err-sund744e.log, if you want to report the issue to the developers. Please also report this if it was a user error, so that a better error message can be provided next time. A bug report can be filed in the tracker at . Thanks!